INF

Datenmanagement und integrative Analysen

Das INF-Projekt wurde eingerichtet um die anspruchsvollen bioinformatischen Anforderungen des SFB 1182 zu unterstützen. Das Projekt wird Daten- und Metadatenstandards entwickeln um die Datenintegration und die zukünftigen kombinierten und vergleichenden Analysen zu erleichtern. Neben der Entwicklung einer einheitlichen SFB 1182-Datenpolitik wird die INF-Gruppe den benötigten Hauptspeicher für den gesamten SFB 1182 einrichten. Die Mitglieder des SFB 1182 werden in den Bereichen Datenvorbereitung, -management und -analyse geschult und unterstützt. Das INF-Projekt wird in die kürzlich etablierten lokalen Netzwerke von Experten, wie das Bioinformatiknetzwerk und die Managementgruppe für klinische Daten, integriert. Auf lange Sicht gesehen werden wir eine zentrale Plattform einrichten, die neben der Überwachung des Datenmanagements neue Hypothesen generiert und bestätigt. Dabei werden die multivarianten Daten, die während der ersten SFB 1182-Förderperiode gesammelt wurden, eingebunden.

Diesem übergreifenden Ansatz folgend können allgemeine Konzepte und Mechanismen für Wirt-Mikrobiota-Wechselwirkungen getestet werden. Zukünftige systembiologische Analysen können einen einheitlichen konzeptionellen Rahmen schaffen, der den Vergleich verschiedener Modelle, einschließlich verschiedener Organismen und unterschiedlicher Organisationsstufen, erleichtert. Die „Systemansicht“ in der Biologie besagt, dass die Eigenschaften eines Systems auf einer bestimmten Ebene der Organisation nicht in ihren Komponenten gefunden werden können, sondern vielmehr aus ihren Wechselwirkungen hervorgehen. Infolgedessen kann ein bestimmtes biologisches System – funktionell und evolutionär – nur durch das Verknüpfen unterschiedlicher Organisationsstufen vollständig verstanden werden. Durch die Formalisierung der gesamten SFB 1182-Forschungsfragen und -ergebnisse wird das INF-Projekt eine wesentliche Rolle bei der Entstehung und Erprobung von modellübergreifenden Hypothesen spielen.

Wissenschaftler

Dr. Marc Höppner

Assoziierte Wissenschaftler
Universität Kiel Institut für Klinische Molekular Biologie

Publikationen

2019

FeaturedThe functional repertoire contained within the native microbiota of the model nematode Caenorhabditis elegans

Zimmermann J, Obeng N, Yang W, Pees B, Petersen C, Waschina S, Kissoyan KAB, Aidley J, Hoeppner MP, Bunk B, Spröer C, Leippe M, Dierking K, Kaleta C*, Schulenburg H* (2019) The ISME Journal. 1-13. * Shared senior authorship  doi: 10.1038/s41396-019-0504-y

The inducible response of the nematode Caenorhabditis elegans to members of its natural microbiome across development and adult life

Yang W#, Petersen C#, Pees B#, Zimmermann J, Waschina S, Dirksen P, Rosenstiel P, Tholey A, Leippe M, Dierking K, Kaleta C*, Schulenburg H*.  Front Microbiol. 10:1793. # Equal contribution as first authors, * Equal contribution as senior authors doi: 10.3389/fmicb.2019.01793.

2018

Functions of the Microbiota for the Physiology of Animal Metaorganisms

Esser D, · Lange J, · Marinos G, · Sieber M, Best L, Prasse D, Bathia J, Rühlemann MC, Boersch K, Jaspers C, Sommer F (2018) J Innate Immun DOI: 10.1159/000495115

Differential expression of immune receptors in two marine sponges upon exposure to microbial-associated molecular patterns.

Pita L, Hoeppner MP, Ribes M, Hentschel U (2018); Sci Rep. 8(1):16081.doi: 10.1038/s41598-018-34330-w

Gut dysbiosis with Bacilli dominance and accumulation of fermentation products precedes late-onset sepsis in preterm infants.

Graspeuntner S, Waschina S, Künzel S, Twisselmann N, Rausch TK, Cloppenborg-Schmidt K, Zimmermann J, Viemann D, Herting E, Göpel W, Baines JF, Kaleta C, Rupp J, Härtel C, Pagel J (2018) Clin Infect Dis. doi: 10.1093/cid/ciy882

Exposure to the gut microbiota drives distinct methylome and transcriptome changes in intestinal epithelial cells during postnatal development.

Pan WH, Sommer F, Falk-Paulsen M, Ulas T, Best P, Fazio A, Kachroo P, Luzius A, Jentzsch M, Rehman A, Müller F, Lengauer T, Walter J, Künzel S, Baines JF, Schreiber S, Franke A, Schultze JL, Bäckhed F, Rosenstiel P (2018); Genome Med. 10(1):27. doi: 10.1186/s13073-018-0534-5

The genomic rate of adaptation in the fungal wheat pathogen Zymoseptoria tritici

Grandaubert J, Dutheil JY, Stukenbrock EH (2019) Evolution Letters, 

 

The sponge holobiont in a changing ocean: from microbes to ecosystems.

Pita L, Rix L, Slaby B M, Franke A, Hentschel U (2018); Microbiome, 6(46). doi: 10.1186/s40168-018-0428-1

The antibiotic resistome and microbiota landscape of refugees from Syria, Iraq and Afghanistan in Germany.

Häsler R, Kautz C, Rehman A, Podschun R, Gassling V, Brzoska P, Sherlock J, Gräsner J T, Hoppenstedt G, Schubert S, Ferlinz A, Lieb W, Laudes M, Heinsen F A, Scholz J, Harmsen D, Franke A, Eisend S, Kunze T, Fickenscher H, Ott S, Rosenstiel P, Schreiber S (2018); Microbiome., 6(1):37. doi: 10.1186/s40168-018-0414-7

2016

FeaturedGenome-wide association analysis identifies variation in vitamin D receptor and other host factors influencing the gut microbiota.

Wang J, Thingholm L B, Skiecevičienė J, Rausch P, Kummen M, Hov J R, Degenhardt F, Heinsen F A, Rühlemann M C, Szymczak S, Holm K, Esko T, Sun J, Pricop-Jeckstadt M, Al-Dury S, Bohov P, Bethune J, Sommer F, Ellinghaus D, Berge R K, Hübenthal M, Koch M, Schwarz K, Rimbach G, Hübbe P, Pan W H, Sheibani-Tezerji R, Häsler R, Rosenstiel P, D’Amato M, Cloppenborg-Schmidt K, Künzel S, Laudes M, Marschall H U, Lieb W, Nöthlings U, Karlsen T H, Baines J F, Franke A (2016); Nat Genet., 48(11):1396-1406. doi: 10.1038/ng.3695