Z2

Mikroorganismen: Kultivierung und Einzelzellanalysen

Die Hauptaufgabe des Z2-Projektes ist die Entwicklung einer Plattform, welche die Isolierung und Identifizierung von Mikroorganismen ermöglicht, die mit Tier- und Pflanzenmetaorganismen assoziiert sind. Diese werden im SFB 1182 mit standardisierten Werkzeugen in allen Teilprojekten untersucht. Für dieses Ziel werden etablierte Methoden und Medien für die mikrobielle Kultivierung, sowie modernste Werkzeuge zur Trennung und Analyse einzelner Zellen eingesetzt. Das Ziel ist eine hohe Standardisierung in folgenden Bereichen zu erreichen:

(i) Isolierung und Identifizierung von Wirt-assoziierten Mikroorganismen, die schwer anzureichern sind und sich nur schwer in reinen Kulturen vermehren lassen, sowie die Entwicklung neuer Instrumente.

(ii) Strukturanalyse der mikrobiellen Gemeinschaft eines Wirte mit Hilfe eines 16S-rRNA-Sequenzierungs-Ansatzes, wobei koordinierte Protokolle für die DNA-Extraktion verwendet werden, um vergleichbare Datensätze für die Wirt assoziierten Konsortien in allen SFB 1182-Projekten zu gewährleisten.

(iii) Fluoreszenz aktivierter Zellsortierung (FACS) wird als Werkzeug um einzelne mikrobielle oder eukaryotische Zellen aus komplexen Gemeinschaften zu trennen eingesetzt, wodurch Einzelzellanalyse (z. B. Einzelzellgenomik), sowie die Kultivierung von langsam wachsenden Bakterien ermöglicht wird.

 

Wissenschaftler

Julia-Vanessa Böge

Technische Mitarbeiter
Universität Kiel Institut für Allgemeine Mikrobiologie GEOMAR - Helmholtz-Zentrum für Ozeanforschung Kiel

Publikationen

2016

Emerging Sponge Models of Animal-Microbe Symbioses.

Pita L, Fraune S, Hentschel U (2016); Front Microbiol., 7:2102. doi: 10.3389/fmicb.2016.02102

Shedding light on cell compartmentation in the candidate phylum Poribacteria by high resolution visualisation and transcriptional profiling.

Jahn M T, Markert S M, Ryu T, Ravasi T, Stigloher C, U Hentschel, Moitinho-Silva L (2016); Scientific Reports, 6:35860. doi: 10.1038/srep35860