Z3

Next-Generation-Sequenzierung zur Untersuchung von Metaorganismen

Die Hauptaufgabe des Z3-Projektes ist die Bereitstellung einer standardisierten zentralen Anlaufstelle für NGS(Next-Generation-Sequenzierung)-basierte Anwendungen für die SFB 1182-Projekte. Das schließt die metagenomischen Analysen der mikrobiellen Gemeinschaften, bakterielle Genomsequenzierungen und die individuellen transkriptomischen Analysen von Wirten und Mikroorganismen mit ein.

Die metagenomische Sequenzierung wird auf zwei Ebenen bereitgestellt:
(i) Profilierung der bakteriellen Gemeinschaft basierend auf 16S rRNA Genamplikon-Sequenzierung
(ii) funktionelle Metagenomik (Shotgun-Sequenzierung).

Transkriptomische Analysen werden unter Verwendung standardisierter RNAseq-Protokolle durchgeführt. Dabei wird von verschiedene RNA-Purifikationsverfahren Gebrauch gemacht. Die technische Sequenzbewertung erfolgt mit der NGS-Ausstattung am Institut für Klinische Molekularbiologie.

Das Hauptziel der Arbeitsgruppe ist es einen hohen Standard zu erhalten, um die Vergleichbarkeit zwischen den diversen Datensätzen des SFB 1182 zu gewährleisten. Darüber hinaus wird das Z3-Projekt die aktuellsten technischen Fortschritte auf diesem Gebiet genau überwachen und diese dem SFB 1182 nach Möglichkeit zur Verfügung stellen.

Wissenschaftler

Prof. Dr. John Baines

Projektleiter
Universität Kiel Institut für Experimentelle Medizin Max-Planck-Institut für Evolutions Biologie

Jan Schubert

Technische Mitarbeiter
Universität Kiel Institut für Experimentelle Medizin

Publikationen

2017

Application of the distance-based F test in an mGWAS investigating β diversity of intestinal microbiota identifies variants in SLC9A8 (NHE8) and 3 other loci.

Rühlemann M C, Degenhardt F, Thingholm L B, Wang J, Skiecevičienė J, Rausch P, Hov J R, Lieb W, Karlsen T H, Laudes M, Baines J F, Heinsen F A, Franke A (2017); Gut Microbes., 8:55. doi: 10.1080/19490976.2017.1356979

FeaturedThe resilience of the intestinal microbiota influences health and disease.

Sommer F, Anderson J M, Bharti R, Raes J, Rosenstiel P (2017); Nat Rev Microbiol., doi: 10.1038/nrmicro.2017.58

FeaturedEfficacy of Sterile Fecal Filtrate Transfer for Treating Patients With Clostridium difficile Infection. Gastroenterology.

Ott S J, Waetzig G H, Rehman A, Moltzau-Anderson J, Bharti R, Grasis J A, Cassidy L, Tholey A, Fickenscher H, Seegert D, Rosenstiel P, Schreiber S (2017); Gastroenterology, 152(4):799-811.e7. doi: 10.1053/j.gastro.2016.11.010

2016

FeaturedEnterococcus hirae and Barnesiella intestinihominis Facilitate Cyclophosphamide-Induced Therapeutic Immunomodulatory Effects.

Daillère R, Vétizou M, Waldschmitt N, Yamazaki T, Isnard C, Poirier-Colame V, Duong C P, Flament C, Lepage P, Roberti M P, Routy B, Jacquelot N, Apetoh L, Becharef S, Rusakiewicz S, Langella P, Sokol H, Kroemer G, Enot D10, Roux A, Eggermont A, Tartour E, Johannes L, Woerther P L, Chachaty E, Soria J C, Golden E, Formenti S, Plebanski M, Madondo M, Rosenstiel P, Raoult D, Cattoir V, Boneca I G, Chamaillard M, Zitvogel L (2016); Immunity., 45(4):931-943. doi: 10.1016/j.immuni.2016.09.009

Epithelial IL-23R Signaling Licenses Protective IL-22 Responses in Intestinal Inflammation.

Aden K, Rehman A, Falk-Paulsen M, Secher T, Kuiper J, Tran F, Pfeuffer S, Sheibani-Tezerji R, Breuer A, Luzius A, Jentzsch M, Häsler R, Billmann-Born S, Will O, Lipinski S, Bharti R, Adolph T, Iovanna J L, Kempster S L, Blumberg R S, Schreiber S, Becher B, Chamaillard M, Kaser A, Rosenstiel P (2016); Cell Rep., 16(8):2208-18. doi: 10.1016/j.celrep.2016.07.054

The native microbiome of the nematode Caenorhabditis elegans: Gateway to a new host-microbiome model.

Dirksen P, Marsh SA, Braker I, Heitland N, Wagner S, Nakad R, Mader S, Petersen C, Kowallik V, Rosenstiel P C, Felix M A, Schulenburg H (2016); BMC Biology, 14:38. doi:10.1186/s12915-016-0258-1