Z3
Wissenschaftsförderung

Next-Generation-Sequenzierung zur Untersuchung von Metaorganismen

Die Hauptaufgabe des Z3-Projektes ist die Bereitstellung einer standardisierten zentralen Anlaufstelle für NGS(Next-Generation-Sequenzierung)-basierte Anwendungen für die SFB 1182-Projekte. Das schließt die metagenomischen Analysen der mikrobiellen Gemeinschaften, bakterielle Genomsequenzierungen und die individuellen transkriptomischen Analysen von Wirten und Mikroorganismen mit ein.

Die metagenomische Sequenzierung wird auf zwei Ebenen bereitgestellt:
(i) Profilierung der bakteriellen Gemeinschaft basierend auf 16S rRNA Genamplikon-Sequenzierung
(ii) funktionelle Metagenomik (Shotgun-Sequenzierung).

Transkriptomische Analysen werden unter Verwendung standardisierter RNAseq-Protokolle durchgeführt. Dabei wird von verschiedene RNA-Purifikationsverfahren Gebrauch gemacht. Die technische Sequenzbewertung erfolgt mit der NGS-Ausstattung am Institut für Klinische Molekularbiologie.

Das Hauptziel der Arbeitsgruppe ist es einen hohen Standard zu erhalten, um die Vergleichbarkeit zwischen den diversen Datensätzen des SFB 1182 zu gewährleisten. Darüber hinaus wird das Z3-Projekt die aktuellsten technischen Fortschritte auf diesem Gebiet genau überwachen und diese dem SFB 1182 nach Möglichkeit zur Verfügung stellen.

Z3
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